การกำจัดหรือบำบัดของเสียอันตรายเป็นสิ่งจำเป็นที่ผู้ก่อกำเนิดต้องตระหนัก เพราะหากกำจัดหรือบำบัดไม่ถูกวิธี หรือไม่เหมาะสมกับของเสียอันตรายชนิด นั้นๆ จะก่อให้เกิดผลกระทบต่อชุมชนและสิ่งแวดล้อม กรมควบคุมมลพิษ ได้ศึกษาและตรวจสอบข้อ ร้องเรียนของประชาชน พบว่า ขณะนี้มีพื้นที่เสี่ยงที่ลักลอบทิ้งกากหรือของเสียอุตสาหกรรมมากถึง 25 จังหวัดทั่วประเทศ โดยจังหวัดฉะเชิงเทรา เป็นจังหวัดที่เกิดปัญหารุนแรงมากที่สุด รองลงมาคือ ชลบุรี ระยอง ปราจีนบุรี และสมุทรปราการ ตามลําดับ

การลักลอบทิ้งกากของเสียแทนที่จะกำจัดหรือบำบัดในระบบเนื่องมาจากค่าใช้ จ่ายในการกำจัดหรือบำบัดราคาสูง ประกอบกับจำนวนโรงงานรับกำจัดมีไม่เพียงพอกับปริมาณของเสียอันตรายที่เกิดขึ้น

วิธีบริหารจัดการของเสียในปัจจุบัน

1. การบำบัดด้วยกระบวนการทางกายภาพและเคมีการบำบัด(Treatment) 
   
2. การบำบัดด้วยกระบวนการทางชีวภาพ
3. การปรับเสถียร (stabilization/solidification)
4. การฝังกลบอย่างปลอดภัย (secure landfill)
5. การเผาทำลาย
6. การเผาเพื่อเอาพลังงาน
7. การปรับปรุงคุณภาพของเสียเพื่อใช้เป็นเชื้อเพลิง
8. การคืนสภาพของเสียเพื่อนำกลับมาใช้ใหม่
9. การนำไปทำสารปรับปรุงดิน
10. อื่นๆ

จากการเปิดเผยข้อมูลของกรมโรงงานอุตสาหกรรม (กรอ.) พบว่า“ขณะนี้ปัญหาการทิ้งขยะที่เป็นกากขยะอันตรายและกากของเสียที่ไม่อันตรายมีการระบาดแพร่หลาย รวมถึงเกิดบ่อบำบัดขยะมีพิษเถื่อนเกิดขึ้นในหลายพื้นที่ ทำให้ล่าสุด ต้องสำรวจข้อมูลว่าปัจจุบันมีโรงงานทั่วประเทศอยู่กี่แห่งและมีปริมาณขยะที่ออกจากโรงงานในปริมาณกี่ตันต่อปี”

จากข้อมูลดังกล่าวทำให้กรอ.โฟกัสมาที่โรงงานประเภทที่ 3 โดยเบื้องต้นเลือกโรงงานที่มีของเสียอันตราย และของเสียที่ต้องควบคุมออกมาจำนวน 20 ประเภท เช่น กากของเสียที่เป็นโลหะ กากของเสียที่เป็นสารเคมี กากของเสียที่มีส่วนผสมของน้ำมันเชื้อเพลิง และกากของเสียที่มีกรด รวมถึงขยะอิเล็กทรอนิกส์ โดยพบว่าในจำนวนนี้มีโรงงานที่มีของเสียอันตรายอยู่ราว 1.6 หมื่นโรงงาน จากข้อมูลทำให้กรอ.พบว่ามีใบขนย้ายกากทั้ง 2 ชนิดออกจากโรงงานไม่ตรงกับกากจริงที่ออกจากโรงงาน โดยกากขยะทั้ง 2 ชนิดหายไปจากระบบข้อมูลรวมกันทั้งสิ้น 31.40 ล้านตัน